胡黄连味苦，性寒，属寒凉药。主要有消疳积、退劳热的作用。小儿不注意饮食或有寄生虫病而致伤害脾胃，影响消化，渐致疳积，可用胡黄连配焦三仙、槟榔、炒内金、木香、炒莱菔子、枳实、白术、地骨皮、使君子等同用。胡黄连也可用于湿热痢疾，常配合木香、槟榔、白芍、当归、白头翁等同用。对于阴虚劳热(下午发热、手足心热、人体渐渐消瘦、两颧发红)，可用本品配地骨皮、白薇、百部、沙参、青蒿、炙鳌甲、秦艽、生地、元参等同用。品小儿科使用最多，常用于小儿身热惊风、疳积等症。
胡黄连细粉用乳汁浸调点眼能治疗肝经风热所致的目昏、目赤等症，效果良好。川黄连清热泻火，偏用于湿热毒盛、痢疾、疮毒等实热证。胡黄连主用于阴虚发热、小儿疳积、惊风等症。用量一般一至三钱。外感发热及脾胃虚寒者忌用。